A szabadságharc idején, 1848. május 1-jén kezdte meg működését az első magyar Pénzügyi Ministérium. Azonban a mai értelemben vett pénzügyi igazgatás kezdete csak az 1867-es kiegyezés utánra tehető, a Magyar Királyi Pénzügyminisztérium létrejöttével.
Az osztrák mintára létrehozott Magyar Kamara (1528-1848) megszűnését követően Magyarország első (bécsi szervektől) független kormányának pénzügyminisztere Kossuth Lajos lett. Nevéhez fűződik a szabadságharc pénzügyi finanszírozásának, illetve az önálló magyar pénz, a Kossuth-bankó megteremtése.
A szabadságharc leverésével minden más igazgatási funkcióval együtt a pénzügyek irányítása is a bécsi pénzügyminisztérium fennhatósága alá került. 1867-ben a kiegyezés után alakulhatott meg újra a független Magyar Királyi Pénzügyminisztérium. Az 1867. június 1-jén létrejött tárca vezetője gróf Lónyay Menyhért, aki 1849-ben a Szemere-kormányban pénzügyi államtitkár volt. A kiegyezést követően három évig irányítja a minisztériumot, ez idő alatt sikerült a korszerű pénzügyi kezelés rendszerét meghonosítania és pénzügyünket Ausztriától elkülönítenie.
Az első kodifikált magyar költségvetés (Államköltségvetés a Magyar Korona országai részére) az 1868-as évre szólt, szerkezetileg pedig nem sokat változott az elmúlt 150 év alatt. A különféle bevételi és kiadási tételek mellett már akkor is számoltak például az államadóssággal.
A Pénzügyminisztérium 1867-től a II. világháború végéig a Budai Várban működött. A XX. század elején Fellner Sándor tervei alapján készült el a Szentháromságtéren az az épület, amelyben az ország pénzügyi igazgatása folyt. A minisztérium mai, József nádor téri épületébe 1947-ben költözött.
2010-től új kormányzati stuktúra jött létre, amelyben a Nemzetgazdasági Minisztérium, mint a Nemzeti Fejlesztési és Gazdasági Minisztérium és Pénzügyminisztérium általános jogutódja, valamint egyes feladatok és hatáskörök tekintetében a korábbi Szociális és Munkaügyi Minisztérium és az Önkormányzati Minisztérium jogutódja lett.
2018-tól ismét önálló tárca a Pénzügyminisztérium, amely a gazdaság-, a költségvetési és a pénzügypolitikáért felelős a most kezdődött kormányzati ciklusban.
2013. március 7. óta Varga Mihály nemzetgazdasági miniszterként látta el feladatát, jelenleg pénzügyminiszter és gazdaságpolitikáért felelős miniszterelnök-helyettes.
