A szabadságharc idején 1848. május 1-jén kezdte meg működését az első magyar Pénzügyi Ministérium a Várban, a Szentháromság téren.

Magyarország első független kormányának pénzügyminisztere Kossuth Lajos volt. Nevéhez fűződik az önálló magyar pénz, a Kossuth-bankó megteremtése és az ország első költségvetésének összeállítása.


A szabadságharc leverése után megszűnt Magyarország önálló állami léte, és minden más igazgatási funkcióval együtt a pénzügyek irányítása is a bécsi pénzügyminisztérium fennhatósága alá került.

1867-ben a kiegyezés után megalakulhatott újra a független magyar királyi pénzügyminisztérium. Az 1867. június 1-jén megalakul tárca vezetője Lónyay Menyhért lett, aki 1849-ben a Szemere-kormányban pénzügyi államtitkár volt. A kiegyezést követően három évig irányítja a minisztériumot, ez idő alatt sikerült a korszerű pénzügyi kezelés rendszerét meghonosítania, és pénzügyünket Ausztriától elkülönítenie.

A Pénzügyminisztérium 1867-től a II. világháború végéig a budai Várban működött. A XX. század elején Fellner Sándor tervei alapján készült el a Szentháromságtéren az az épület, amelyben az 1944-es orstromig az ország pénzügyi igazgatása folyt.
A minisztérium mai, József nádor téri épületébe 1948-ban költözött.