A szabadságharc idején 1848. május 1-jén kezdte meg működését az első magyar Pénzügyi Ministérium a Várban, a Szentháromság téren.

Magyarország első (bécsi szervektől) független kormányának pénzügyminisztere Kossuth Lajos volt. Nevéhez fűződik az önálló magyar pénz, a Kossuth-bankó megteremtése.


A szabadságharc leverése után megszűnt Magyarország önálló állami léte, és minden más igazgatási funkcióval együtt a pénzügyek irányítása is a bécsi pénzügyminisztérium fennhatósága alá került.

1867-ben a kiegyezés után megalakulhatott újra a független Magyar Királyi Pénzügyminisztérium. Az 1867. június 1-jén létrejött tárca vezetője gróf Lónyay Menyhért lett, aki 1849-ben a Szemere-kormányban pénzügyi államtitkár volt. A kiegyezést követően három évig irányítja a minisztériumot, ez idő alatt sikerült a korszerű pénzügyi kezelés rendszerét meghonosítania és pénzügyünket Ausztriától elkülönítenie.

A Pénzügyminisztérium 1867-től a II. világháború végéig a Budai Várban. A XX. század elején Fellner Sándor tervei alapján készült el a Szentháromságtéren az az épület, amelyben az 1944-es orstromig az ország pénzügyi igazgatása folyt.

A minisztérium mai, József nádor téri épületébe 1947-ben költözött.

2010-től új kormányzati stuktúra jött létre, amelyben a Nemzetgazdasági Minisztérium, mint a Nemzeti Fejlesztési és Gazdasági Minisztérium és Pénzügyminisztérium általános jogutódja, valamint egyes feladatok és hatáskörök tekintetében a korábbi Szociális és Munkaügyi Minisztérium és az Önkormányzati Minisztérium jogutódja. A szaktárca feladata, hogy a rendelkezésére álló gazdaságpolitikai eszközökkel és az uniós források hatékony felhasználásával elősegítse egy, az egységes európai piacon és a globalizálódó világgazdasági környezetben egyaránt versenyképes, gyors növekedésre képes, magas hozzáadott értéket előállító, innovatív, tudásalapú gazdaság kialakulását.

2013. március 7. óta Varga Mihály a nemzetgazdasági miniszter.